O herói da aventura é Ken Ogawa, líder de um esquadrão de ninjas cibernéticos, que embarca em uma arriscada missão pelos edifícios de Tóquio - com mapas reproduzindo locações reais - para destruir uma horda de seres mutantes que pode infectar toda a população. Durante a operação, porém, Ogawa se torna vítima de uma intricada conspiração criada por seu próprio pai e perde todos os seus homens no campo de batalha. Movido pelo desejo de descobrir os reais motivos por trás da traição, o guerreiro ninja parte em uma jornada solitária de vingança pelo submundo da cidade.

Claro que, como bom ninja, Ogawa conta com várias armas e artifícios. O assassino é capaz de lutar utilizando duas espadas, lançar granadas e contar com um gancho para alcançar locais de difícil acesso, entre muitas surpresas. Seu repertório inclui também movimentos especiais como o Todomé e o Ninjutsu, capazes de eletrocutar inimigos ou arrancar seus corações, para uma morte rápida e sem maiores complicações.